ஐயப்பனின் தரிசனத்தைப்போல அவரின் அவதார வரலாறும் ஒரு மெய்சிலிர்க்க வைக்கும் அனுபவம். சுவாமி ஐயப்பன் அவதார வரலாறு பக்தி பூர்வமானது மட்டுமல்ல நெஞ்சை நெகிழ வைக்கும் உன்னத வரலாறு ஆகும்.
காலவ மகிஷியின் மகளான லீலாவதி,, ஒரு சாபத்தின் விளைவாக மகிஷியாக பிறந்தாள். தனது சகோதரன் மகிஷாசுரணை ஆதிபராசக்தி அழித்ததால் பிரம்மனை நோக்கி கடும் தவம் இருந்தாள். வரம் பெற்ற அவள் தேவர்களையும் முனிவர்களையும் துன்புறுத்தினாள்.
பிரம்மாசுரனை அழிக்க மோகினி அவதாரம் எடுத்த விஷ்ணுவை கண்டு சிவபெருமான் மோகம் கொண்டார். இதன் விளைவாக ஐயப்பன் அவதாரம் நிகழ்ந்தது. அரிகர புத்திரனாக மணிகண்டன் அவதரித்தார். குழந்தையின் கழுத்தில் மணிமாலை இட்டுவிட்டு அவர்கள் இருவரும் மறைந்தனர். காட்டுக்கு வேட்டையாட வந்த பந்தளநாட்டு மன்னன் ராஜசேகரன் குழந்தையை கண்டெடுத்து அதற்கு மணிகண்டன் என்று பெயரிட்டு சீரும் சிறப்புமாக வளர்த்தான் இந்த நிலையில் ராணி, ராஜராஜன் என்ற மகனை பெற்றெடுத்தாள் மந்திரியின் துர்போதனையால் அவள் மதிமயங்கினாள்.
சதி திட்டம் தீட்டப்பட்டது. ராணி தலைவலியால் துடித்தாள் ராணியைக் குணப்படுத்த வைத்தியர் புலிப்பால் வேண்டும் என்றார். மன்னன் அதிர்ச்சி அடைந்தான். புலிப்பாலை கொண்டுவர 12 வயது ஆன மணிகண்டன் புறப்பட்டார். பம்பை ஆற்றங்கரையில் மணிகண்டனுக்கும் மகிஷிக்கும் இடையே கடும்யுத்தம் நடந்தது. முடிவில் மகிஷி வீழ்ந்தாள். லீலாவதியாக அவள் சாப விமோசனம் பெற்றாள். ஐயனை தன்னை ஏற்றுக்கொள்ளுமாறு திருவடி பணிந்து நின்றாள்.
ஐயன் தான் நித்ய பிரம்மச்சாரி என்றைக்கு தன்னைத்தேடி கன்னி ஐயப்பன்மார் வராமல் இருக்கிறார்களோ அன்று அவளை மணந்து கொள்வதாக கூறி தமது இடப்பக்கத்தில் மாளிகைப்புறத்து மஞ்சள்மாதாவாக வீற்றிருக்க அருள்பாலித்தார். இந்திரன் புலிவடிவம் தாங்கிட ஐயப்பன் அதன்மீதேறி நாடு திரும்பினார். அதை கண்டு மிரண்டராணி, தன்னை மன்னிக்குமாறு வேண்டினாள்.
ஐயப்பன் தமது அவதார நோக்கினை எடுத்துக்கூறி தர்மசாஸ்தாவான தனக்கு விடை கொடுக்குமாறு வேண்டினார். இதைக்கேட்டதும் ராஜசேகர மன்னன் மனம் உடைந்தார். அவர் திருப்திக்காக ஐயப்பன் சபரிமலையில் தங்கி இருக்க சம்மதித்தார். பம்பை நதிக்கரையில் மணிகண்டன் அம்பு எய்தார். அந்த இடத்தில் பந்தளமன்னன் கோவில் கட்டினான். பரசுராமர் அங்கு ஐயப்பன் விக்ரகத்தை பிரதிஷ்டை செய்தார். சபரி என்ற யோகியின் நினைவாக அந்த இடம் சபரிமலை என்றழைக்கப்படுகிறது. இருமுடிகட்டி தம்மைதரிசிக்க வரும் பக்தர்களுக்கு ஆண்டுதோறும் மகரசங்கராந்தி அன்று ஐயப்பன் ஜோதிவடிவில் இன்றும் அருள்பாலித்துக் கொண்டிருக்கிறார்.